Une recherche menée par l’INRA d’Agadir et le CEBAS-CSIC espagnol apporte de nouvelles données sur les populations du virus du fruit rugueux brun de la tomate. Les analyses révèlent une faible diversité génétique, mais plusieurs groupes de variants. Elles suggèrent des introductions limitées, dont les voies exactes restent à établir.
Comment le ToBRFV s’est-il installé et diversifié dans le Souss-Massa ? Une étude publiée le 17 septembre 2026 dans la revue scientifique Viruses apporte des éléments de réponse. Signé par Ayoub Maachi, chercheur à l’INRA d’Agadir, Livia Donaire et Miguel A. Aranda, du CEBAS-CSIC à Murcie, ce travail examine les caractéristiques génétiques du virus à partir de tomates commercialisées dans la région.
Les chercheurs ont collecté 100 fruits dans 18 commerces répartis sur sept marchés, entre mai et juin 2025. Ces prélèvements concernaient des tomates présentant une maturation irrégulière et des symptômes compatibles avec une infection. Les analyses par RT-PCR ont détecté le ToBRFV dans 50 échantillons.
Ce résultat doit être interprété dans les limites du protocole. Les fruits ont été sélectionnés pour leurs symptômes et ne constituent pas un échantillon aléatoire de la production. Le taux de positivité de 50 % ne permet donc d’estimer ni la proportion de tomates contaminées dans le Souss-Massa, ni celle des exploitations touchées. Il documente la présence du virus dans les fruits étudiés.
Les comparaisons révèlent une identité nucléotidique comprise entre 99,45 % et 100 % sur les régions analysées.
Pour analyser sa diversité, l’équipe a obtenu 38 séquences couvrant une partie du génome viral, complétées par 11 séquences publiques issues de tomates d’origine marocaine. Les comparaisons révèlent une identité nucléotidique comprise entre 99,45 % et 100 % sur les régions analysées. Cette forte proximité est cohérente avec la faible diversité du ToBRFV observée à l’échelle mondiale.
Les différences relevées permettent néanmoins de distinguer 27 haplotypes, autrement dit des profils génétiques, répartis en quatre groupes principaux. Certains sous-groupes réunissent surtout des échantillons provenant d’un même site, tandis que plusieurs profils sont partagés entre différentes localités. Les auteurs suggèrent que la géographie, éventuellement associée aux pratiques agricoles, contribue à structurer cette population virale.
La comparaison avec les séquences internationales fait apparaître une parenté entre le groupe majoritaire marocain et des séquences de Jordanie et d’Israël. (…) Les chercheurs avancent ainsi l’hypothèse d’un nombre limité d’introductions.
La comparaison avec les séquences internationales fait apparaître une parenté entre le groupe majoritaire marocain et des séquences de Jordanie et d’Israël. Deux autres séquences se rapprochent de celles d’Italie. Les chercheurs avancent ainsi l’hypothèse d’un nombre limité d’introductions.
Ces rapprochements génétiques ne démontrent toutefois pas une importation directe depuis les pays concernés. Ils ne renseignent pas, à eux seuls, les fournisseurs, les lots de semences ou les éventuels pays intermédiaires. Identifier une parenté entre variants et retracer une chaîne de contamination sont deux démarches distinctes, qui nécessitent des données complémentaires.
L’étude relève également une substitution appelée E132K dans la protéine de mouvement de certains variants marocains. Cette protéine intervient dans la circulation du virus au sein de la plante. Les auteurs demandent des essais biologiques pour déterminer la portée fonctionnelle de cette variation. Aucun résultat présenté ne permet d’affirmer qu’elle accroît l’agressivité du virus ou qu’elle contourne les nouvelles résistances variétales.
Ces travaux prolongent les observations phytosanitaires déjà disponibles. Selon la notification marocaine relayée par l’Organisation européenne et méditerranéenne pour la protection des plantes, le ToBRFV a été détecté en octobre 2021 dans le Souss-Massa, puis en mars 2022 à Dakhla. En octobre 2023, son statut officiel était celui d’un organisme présent, à distribution restreinte et sous contrôle officiel.
Pour les producteurs, la surveillance génétique complète la prévention au quotidien. La fiche technique Ephytia de l’INRAE rappelle la transmission par contact et le rôle des semences, plants, outils, personnels et bourdons pollinisateurs dans la dissémination. La stabilité du virus sur différents supports rend l’hygiène des opérations culturales particulièrement importante.
La contribution de cette recherche maroco-espagnole est de fournir une base scientifique pour suivre l’évolution du ToBRFV au Maroc. Des prélèvements plus larges, incluant les fruits asymptomatiques et d’autres bassins de production, permettraient de préciser la diversité réellement présente. Les essais sur les variants identifiés restent nécessaires pour relier leurs différences génétiques à leur comportement sur les plantes.
Sources : ÉtudeViruses, septembre 2026 ; fiche technique INRAE, Ephytia.